- Agua Blanca in Departamento de La Union
- Agua Caliente in Departamento de La Union
- Arenales in Departamento de San Miguel
- Azacualpa in Departamento de Morazan
- Azacualpia de Gualcho in Departamento de Usulutan
- Bocana El Muniga, a bay in Departamento de La Union
- Bocana de Cuevitas, a bay in Departamento de La Union
- Canada El Guichoso, an estuary in Departamento de La Union
- Canaverales in Departamento de Morazan
- Candelaria in Departamento de San Miguel
- Canoguero in Departamento de La Union
- Cara Sucia in Departamento de Ahuachapan
- Caribal in Departamento de La Union
- Carolina in Departamento de San Miguel
- Carpintero in Departamento de La Union
- Casa Blanca in Departamento de Morazan
- Cerco de Piedras in Departamento de La Union
- Cerritos in Departamento de Morazan
- Cerro El Jiote in Departamento de La Union
- Cerro El Nanzal in Departamento de Usulutan
- Chagalapa in Departamento de Ahuachapan
- Chambala in Departamento de San Miguel
- Chapeltique, population 3,159 in Departamento de San Miguel
- Chilagual in Departamento de La Union
- Chilanga in Departamento de Morazan
- Chilanguera in Departamento de San Miguel
- Chinameca, population 8,646 in Departamento de San Miguel
- Chucumba in Departamento de Santa Ana
- Conacastal in Departamento de San Miguel
- El Caguamo in Departamento de La Union
- Estero Cerique, an estuary in Departamento de La Union
- Estero El Brujo, an estuary in Departamento de La Union
- Estero La Candela, an estuary in Departamento de La Union
- Estero La Caranga, an inlet in Departamento de La Union
- Estero Las Conchas, an estuary in Departamento de La Union
- Estero Llano Largo, an estuary in Departamento de La Union
- Laguneta Agua Caliente, a lake in Departamento de San Miguel
- Las Ahogadas in Departamento de La Union
- Los Corrales in Departamento de La Union
- Municipio de Arambala in Departamento de Morazan
- Municipio de Carolina in Departamento de San Miguel
- Municipio de Chirilagua in Departamento de San Miguel
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- Municipio de Ciudad Barrios in Departamento de San Miguel
- Punta Novillo in Departamento de La Union
- Quebrada Agua Caliente, a stream in Departamento de La Union
- Quebrada Araute, an intermittent stream in Departamento de Morazan
- Quebrada Coyolito, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada El Hueco, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada El Manzano, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada El Naranjo in Departamento de La Union
- Quebrada El Obraje, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada El Quebradon, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada El Retirito, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada El Sajimo, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada El Zorrillo, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Guanacaste, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Honda, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada La Palma, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Las Lajas, an intermittent stream in Departamento de Ahuachapan
- Quebrada Las Pozas, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Las Trozas, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Los Monos, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Los Ranchos, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Los Rivera, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Los Sorto, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Talquezal, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada Tepenguara, an intermittent stream in Departamento de La Union
- Quebrada de La Virgen, an intermittent stream
- Quebrada del Cerron, an intermittent stream in Departamento de Santa Ana
- Rio Araute, a stream in Departamento de Morazan
- Rio Canaverales, a stream in Departamento de Morazan
- Rio Cara Sucia, a stream in Departamento de Ahuachapan
- Rio Chapeltique, a stream in Departamento de San Miguel
- Rio Chilapa, a stream in Departamento de Ahuachapan
- Rio Chiquito, a stream in Departamento de La Union
- Rio El Naranjo, a stream in Departamento de Ahuachapan
- Rio El Zapote, an intermittent stream
- Rio Guamas, a stream in Departamento de La Union
- Rio Jencho, a section of stream in Departamento de Ahuachapan
- Rio Lajitas, a stream
- Rio Los Toles, a stream in Departamento de Ahuachapan
- Rio de Ashuquema, a stream in Departamento de Ahuachapan
- Zanjon Guayapa, a section of stream in Departamento de Ahuachapan
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