- Bahia San Lorenzo, a bay in Departamento de Valle
- Barra El Espino, a bar in Departamento de Choluteca
- Carril del Moral, a stream in Departamento de Choluteca
- Cogollo Salamar, an estuary in Departamento de Valle
- Estero Butus, an estuary in Departamento de Choluteca
- Estero Carrachi, an estuary in Departamento de Choluteca
- Estero El Apintal, an estuary in Departamento de Valle
- Estero El Cedro, an estuary in Departamento de Choluteca
- Estero El Espina, an estuary in Departamento de Valle
- Estero Hermoso, an estuary in Departamento de Valle
- Estero La Diabla, a stream in Departamento de Choluteca
- Estero Las Doradas, a stream in Departamento de Choluteca
- Estero Los Puentes, an estuary in Departamento de Choluteca
- Estero Nacascolo, a stream in Departamento de Choluteca
- Estero Purgatorio, a stream in Departamento de Choluteca
- Estero Revienta Cadenas, an estuary in Departamento de Choluteca
- Estero de La Berberia, an estuary in Departamento de Choluteca
- Estero de Las Mujeres, an estuary in Departamento de Choluteca
- Estero del Nacascolo, a stream in Departamento de Choluteca
- Harbor Bay, a bay in Bay Islands
- Hato Viejo, a stream in Departamento de Choluteca
- Higuerito, a stream in Departamento de El Paraiso
- La Boca de Las Conchas, an estuary
- Laguna El Algodonal, a lake in Departamento de Choluteca
- Laguna El Moray, a lake in Departamento de Choluteca
- Laguna Higuerito, a lake in Departamento de Cortes
- Los Pozos, a stream in Departamento de Olancho
- Pasadero de Los Pericos, a bay in Departamento de Valle
- Paso Crucero, an estuary in Departamento de Valle
- Paso Irinea, an estuary in Departamento de Choluteca
- Paso La Oscurana, an estuary in Departamento de Valle
- Paso Las Cuevitas, an estuary in Departamento de Choluteca
- Paso Playa Salada, an estuary in Departamento de Choluteca
- Quebrada El Aguacate, a stream in Departmento de Francisco Morazan
- Quebrada El Aguila, a stream in Departamento de Intibuca
- Quebrada El Alto, a stream in Departamento de Valle
- Quebrada El Zanjon, a stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Hamaca, a stream in Departamento de Lempira
- Quebrada Holominas, a stream in Departamento de Intibuca
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- Quebrada Honda, a stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada La Castana, a stream
- Quebrada La Tembladera, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Los Planes, a stream in Departamento de Copan
- Quebrada Los Pozos, a stream in Departmento de Francisco Morazan
- Quebrada Los Prietos, a stream in Departamento de Yoro
- Quebrada Papayal, a stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Pitunche, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Quebrachos, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Reventadero, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada San Benito, a stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada San Ramon, a stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Santa, a stream in Departmento de Francisco Morazan
- Quebrada Santa Ana, a stream in Departamento de Copan
- Quebrada Seca, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Tapaire, a stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Tulapa, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada Vainilla, a stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada de Hicaca, a stream in Departamento de Comayagua
- Quebrada de Los Pastales, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada de Los Perros, a stream in Departamento de Lempira
- Quebrada de Los Talpetates, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada de Santa Marta, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada de Zapote, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada del Ojustal, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada del Ojuste, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada del Puercal, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada del Quiquiscal, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Quebrada del Uvilla, an intermittent stream in Departamento de Choluteca
- Rio El Aguila, a stream in Departamento de Valle
- Rio Orocuina, a stream in Departamento de Choluteca
- Rio Santa Ana, a stream in Departmento de La Paz
- Rio Santa Barbara, a stream in Departamento de Lempira
- Rio Santa Clara, a stream in Departamento de El Paraiso
- Rio de El Aluate, a stream in Departamento de Ocotepeque
- Rio de Los Puentes, a stream in Departmento de La Paz
- Rio del Laure, a stream in Departamento de Valle
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