- Algodon in Departamento de Choluteca
- Amapala, a meteorological station
- Antiguo Cauce del Rio Choluteca, a dry stream bed in Departamento de Choluteca
- Boca de La Isla de Piedra in Departamento de Choluteca
- Catacamas, a meteorological station
- Cerro Bonito, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro Calpules, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro Canta Gallo, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro El Alto, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro El Cerron, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro El Chaparral, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro El Cojudo, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro El Jobo, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro El Naranjo, a ridge in Departamento de El Paraiso
- Cerro El Picacho, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro El Quebrachal, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro Exposicion, a hill in Departamento de Valle
- Cerro La Bandera, a ridge in Departamento de Choluteca
- Cerro La Bomba, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro La Cebadilla, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro La Gloria, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro La Majada, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro La Pichinga, a hill
- Cerro Las Conchas, a ridge in Departamento de Choluteca
- Cerro Las Dos Mangas, a ridge in Departamento de El Paraiso
- Cerro Las Golondrinas, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro Las Lajas, a ridge in Departamento de Choluteca
- Cerro Las Tunas, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro Los Algodones, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro Los Hoyos, a ridge in Departamento de Intibuca
- Cerro Moradel, a hill in Departamento de Colon
- Cerro Ojo de Agua, a hill in Departamento de El Paraiso
- Cerro Sacare, a hill in Departamento de Choluteca
- Cerro Suliran, a hill in Departmento de Francisco Morazan
- Cerro Zacate Grande, a hill in Departamento de Valle
- Cerro de Puerto Arturo, a hill in Departamento de Colon
- Cerro del Jiote, a hill in Departamento de Choluteca
- Choluteca, a meteorological station in Departamento de Choluteca
- Clavo Rico in Departamento de Choluteca
- Cordillera de Sulaco, a ridge in Departamento de Comayagua
- El Faro in Departamento de Choluteca
- El Nance in Departamento de Choluteca
- Finca El Retiro in Departamento de Choluteca
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- Finca Quince de Septiembre in Departamento de Choluteca
- Finca San Jose in Departamento de Choluteca
- Finca San Paulo in Departamento de Choluteca
- Finca de Cafe Carolina in Departamento de Choluteca
- Finca de Cafe Flor del Valle in Departamento de Choluteca
- Finca de Cafe Mira Mar in Departamento de Choluteca
- Guanaja, a meteorological station
- Hacienda Paso de La Tigra in Departamento de Choluteca
- Islas Del Cisne, a meteorological station
- La Esperanza, a meteorological station
- La Guara in Departamento de Choluteca
- La Sierra, a ridge in Departmento de Francisco Morazan
- Llanos de Sinuapa, a plain in Departamento de Ocotepeque
- Loma El Pescadero, a hill in Departamento de Choluteca
- Montana La Sierra, a ridge in Departmento de La Paz
- Montana Las Dantas, a ridge in Departamento de Copan
- Montana Las Gualchocas, a ridge in Departamento de Santa Barbara
- Montana Las Lagunas, a ridge in Departmento de Francisco Morazan
- Montana Los Ajustes, a ridge in Departamento de Choluteca
- Montana Los Cabbalos, a ridge in Departamento de Choluteca
- Montana Los Crucitos, a ridge in Departmento de La Paz
- Montana Soledad, a ridge in Departamento de Yoro
- Montana Tacuacines, a ridge in Departamento de Santa Barbara
- Montana Tamagazapa, a ridge in Departmento de Francisco Morazan
- Montana Troncones, a ridge in Departamento de Yoro
- Montana Upa, a ridge in Departmento de La Paz
- Montana de Sirara, a ridge in Departmento de La Paz
- Montana de Sursular, a ridge in Departamento de Olancho
- Montana de Totoca, a ridge in Departamento de Santa Barbara
- Montana de la Sisimitera, a ridge in Departamento de Santa Barbara
- Paso de La Rana in Departamento de Choluteca
- Piedra Cagada in Departamento de Valle
- Piedra de Agua in Departamento de Choluteca
- Portillo Las Dantas, a pass in Departamento de El Paraiso
- Portillo de Teotecacinte, a pass
- Rancho Alegre in Departamento de Choluteca
- Somuina in Departamento de Choluteca
- Stanley Peak, a ridge in Bay Islands
- Tunas in Departamento de Choluteca
- Valle Siria, a valley in Departmento de Francisco Morazan
- Valle de Tencoa, a valley in Departamento de Santa Barbara
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